Действие аниме «Гроб принцессы Чайки» разворачивается вокруг молодого диверсанта Тору Акура, которому двадцать лет, но послевоенная реальность уже не нужна. Он проводит дни в бесцельной праздности, ощущая себя совершенно useless и живя за чужой счет. Его сестра Акари — такая же бойчиха-диверсантка — тяготеет к труду ради пропитания, чтобы хотя бы свести концы с концами. Одно утро начинается необычно: прямо перед лицом Тoru появляется молот, торчащий из подушки, а над ним на четвереньках стоит Акари. Она признаётся, что устала таскать брата на себе и что при таком раскладе им грозит голод, если он не найдёт работу. Тору отказывается от такого бремени и отправляется в близлежащий лес в поисках пропитания, где встречает странную девочку по имени Чайка Трабант, четырнадцатилетнюю магичку, которая заблудилась в глубине леса и, как кажется, преследуется охотниками. Тору помогает Чайке уйти от погони и приводит её в город, взяв с неё обещание угостить его едой за помощь. В городе они сталкиваются с Акари, и после непродолжительного разговора Чайка нанимает обоих диверсантов. Тору и Акари соглашаются на контракт, который предполагает их поддержку в поисках Чайки — во имя поиска неких останков. Но что ждёт их впереди? Кто же скрывается за загадочной Чайкой и чем она на самом деле является?
