Исчезновение Харухи Судзумии

Приближаясь к середине декабря, Харухи Судзумия во главе бригады SOS объявляет, что рождественский вечер они устроят в комнате клуба за праздничным столом и устроят там уютный ужин. Все участники спешат привести в порядок приготовления и декорации, чтобы праздник прошёл на высоте. Однако спустя несколько дней на пути в школу Кён начинает замечать цепочку странностей: разговор с Танигути не складывается, тот внезапно заболел и не помнит вчерашний разговор. В обычном классе Харухи отсутствует, зато Рёко Асакура оживает буквально на её месте и общается с Кёном, как будто ничего не произошло. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато Юки предстает простой школьницей и единственным участником литературного кружка. Так в этом мире ни бригада SOS, ни сама Харухи не существуют, словно их не было вовсе—и школьники продолжают жить обычной жизнью, сталкиваясь с несуразностями, которые выбивают их из привычной реальности.