Ангелы снова обрушивают волну атак на базу Nerv, и в боевую оперативную группу втягиваются два новых пилота: Мари Илластриэс Макинами — пилот Евангелиона-05, который пал в первом столкновении, и пилот Евы-02, чья роль позже эволюционирует в участие Евы-03 — Аски Лэнгли Сикинами. В то время как наука и политика мира исследуют возможные пути эволюции человечества, Гэндо Икари и загадочная организация Seele запускают амбициозную программу по совершенствованию человека. В рамках этого проекта задействованы Рей и Шинджи, а также таинственный подросток Каору Нагиса, чьи мотивы, источники силы и связи с происходящим остаются под вопросом. Сюжетные линии обещают столкновение между личными целями героев и глобальными экспериментами, затрагивающими судьбы всего человеческого рода.






