Z/X: Код воссоединения

После затяжного конфликта между человечеством и зексами — существами, пришедшими в наш мир из пяти параллельных миров — устанавливается шаткое перемирие. Теперь судьба целых миров зависит от необычно слабого физически ребенка — Адзуми Кагамигахары — и её партнёра, хладнокровного зекса из Голубого Мира по имени Ригель. Но прежде юной героине предстоит пройти обучение в Академии Фудзимисаки, специальной школе, созданной для подготовки пар, объединяющих человека и зекса. По прибытии Адзуми знакомится с другими девочками, и вместе они отправляются на путь упорной подготовки внутри стен академии, усваивая дисциплину, стратегию и манеру владения силами, которые могут изменить ход войны и баланс между мирами, и стать оплотом надежды для будущих поколений.