Прошло целое тысячелетие с тех пор, как таинственная раса Гауна разрушила Солнечную систему. Эти колоссальные и почти неуязвимые твари лишены разума, потому их остановить казалось невозможным. Выжившие люди нашли убежище на огромных космических судах под названием «Сидония», которые позволили сохранить род человеческий и продолжить жизнь за пределами родной планеты. В пути скитаний по пустоте космоса люди научились конструировать и управлять пилотируемыми боевыми машинами — мощными защитными механизмами, служащими щитом против неистовства чужих полчищ. В центре сюжета оказывается Нагатэ Таникадзэ, чья судьба до определенного момента была изолирована внутри одного из кораблей. Его заметили как таланта к пилотированию боевых дронов, и он начал интенсивно обучаться. Теперь он и его товарищи-пилоты ведут тяжелую и рискованную войну против Гауна, борясь за выживание человечества и за будущее цивилизации, способной отстоять свою свободу.
