После окончания школьной подготовки по Vanguard у старшеклассника Кодзи Ибуки начинают сниться тревожные кошмары. Номэ Татсунага просит Суйко призвать его в загадочный особняк, где выясняется, что юноша способен видеть темную башню под названием «Санктурий». Эта башня искажает временную линию на протяжении всего сюжета, и единственный путь вернуть историю к норме — сперва Кодзи должен исправить ту ошибку, которую, по прогнозам, совершит в будущем. Теперь Кодзи и Суйко отправляются в параллельный мир "-if-", чтобы наблюдать, как волшебницы Эми Сэндо и Сюка призывают юнитов Vanguard и помогают скорректировать ход событий. Однако сами герои дают мало ясности — карточные схватки против реальных монстров оказываются не слишком эффективными.
