После освобождения от обязанностей в 501‑м секретном отделе Мотоко Кусанаги вынуждена подчиниться указаниям Дайсуке Арамаки и следовать его приказам. Неожиданный взлом искусственного интеллекта Логикомы запускает цепь событий, и Бато начинает формирование новой оперативной группы. Он привлекает к делу бывшего армейского разведчика Исикаву и специалиста по взрывчатке Бому, чтобы обеспечить необходимую техническую и тактическую поддержку. Кусанаги стремится вовлечь в расследование снайпера Сайто и загадочного агитатора Падзу, чьи мотивы остаются неясными. В то же время девятый отдел разворачивает очередную операцию, переплетённую с политическими интригами и скрытыми угрозами, где роль технологий становится всё более двусмысленной. Команда сталкивается с дилеммами между верностью долгу и личными принципами, пока расследование выходит за рамки обычной миссии и приближает к разгадке странных сбоев Логикомы. В воздухе витает напряжение: чьи силы держат ниточки в тени, и кто окажется настоящим союзником в этой игре?
