Это третий фильм в рамках тетралогии о Девочке-волшебнице Мадока. В отличие от первых двух выпусков, лента не повторяет сюжет сериала и предлагает собственную художественную траекторию. После того как Мадока перестроила Вселенную, Хомура оказывается в мире, где рождение ведьм больше не происходит. Однако человеческое отчаяние продолжает принимать форму призраков — существ, с которыми и сталкиваются юные волшебницы во время своих битв. Хомура вынуждена бороться с одиночеством, сопровождавшим её после разрыва с Мадокой, и её путь становится всё более сложным и личным. В фильме появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ, чьё появление приносит неожиданные повороты и новые испытания для главных героинь. Атмосфера картины сохраняет глубину и мрачность оригинала, исследуя темы жертвы, дружбы и ответственности, а также то, как далеко готова зайти каждая из девушек ради защиты близких.
