После побега от Черного призрака киборги, некогда восставшие против зловещой организации, разбрелись по миру и ведут спокойные повседневные жизни. Но на горизонте появляется странное существо, напоминающее динозавра, которое начинает атаковать людей и города, используя разрушительные звуковые волны. Доктор Айзек Гилмор приходит к выводу, что за этим напором стоит Черный призрак, и намерен вернуть киборгов в общее сопротивление. Во главе новой миссии стоит харизматичный Дзё Симамура, известный как Киборг 009, к которому присоединяется загадочная Хелена, утверждающая, что стала сиротой вслед за нападениями монстра. Вооруженные и действующие сплоченно, они применяют подводно-летательный аппарат «Дельфин», оснащённый противозвуковым оружием и средствами противодействия. С его помощью киборги отправляются на поиски источника чудовища и нового убежища Черного призрака, чтобы положить конец хаосу и вернуть мир людям.
