Однажды ночью таинственная организация под названием «Красные сиамские кошки» совершает нападение на Токийский национальный институт микроорганизмов. Преступники взрывают засекреченную лабораторию, в которой хранился опасный вирус, о котором ходят слухи — смертность до восьмидесяти процентов и пока без лекарства. Этот акт террора мгновенно оказывается на первых полосах газет, затмевая презентацию огромного дирижабля, над созданием которого трудились под руководством Джирокичи Сузуки. В приглашении на показ неожиданно присутствует записка для Кайто Куро́бы, известного как «Кайто Кид», с вызовом — украсть экспонат, знаменитую драгоценность «Леди Скай». Конану Эдогаве разрешают подняться на борт дирижабля вместе с Когоро Мори, Ран Мори, Соноко Сузуки, профессором Агасой и Детективным клубом юниоров. Однако праздник прерывается: загадочный звонок сообщает, что вирус уже выпущен в курительной комнате, и вскоре у пассажиров начинают проявляться симптомы, на борту начинается хаос. Внезапно появляются «Красные сиамские кошки» и захватывают дирижабль. Чтобы остановить преступников, Конан и Кайто Кид вместе со своими союзниками обязаны разыскать улики, понять истинную цель «Красных сиамских кошек» и успеть до истечения времени.
