После событий второго фильма Синдзи Икари приходит в себя спустя четырнадцать лет и сталкивается с тем, что его память словно рассыпана. Он не может сразу понять, где он находится и что произошло, но со временем становится ясно: правда гораздо пугающе сложна, чем он мог себе представить. На его пути снова возникают Ангелы, и теперь они не одни — к нему присоединяются неожиданные соратники, чьи мотивы и лояльность кажутся неопределёнными. Преодолевая преграды, созданные бывшими друзьями, Синдзи вынужден идти к передовой, где любая ошибка может означать катастрофу для всего человечества. Судьба снова кладёт на его плечи груз решения, от которого зависит будущее мира, и неясно, сможет ли он выбрать путь, который не приведёт к разрушению. Вопрос остаётся открытым: каковы будут его шаги на этот раз и чем он пожертвует ради спасения людей?
