Действие разворачивается в 2027 году, через год после завершения войны без применения ядерного оружия. Нью-Порт-Сити всё ещё восстанавливается, но неожиданно город снова подвергается атаке — бомбардировке, устроенной автономными минами. В это время выясняется, что высокопоставленный военный служащий, замешанный в коррупционных схемах и торговле оружием, был застрелен. В ходе расследования на сцену выходит Дайсукэ Арамаки, глава отдела общественной безопасности, который сталкивается с Мотоко Кусанаги, переведённой в элитный 501-й секретный отряд. Бато выражает подозрения в отношении Кусанаги и предполагает её причастность к последним инцидентам, ведь она не пострадала при взрыве. Параллельно Тогоуса, детектив префектуры Ниихама, ведёт расследование двух убийств. Саму Мотоко держат под постоянным надзором начальник 501-го отдела Курицу и его кибернетических агентов.






