Пятнадцать лет назад в безводной глуби Тихого океана исчезло пассажирское судно после столкновения с айсбергом. Более десяти лет спустя связь между этими событиями неожиданно выходит на поверхность во время первого рейса роскошного лайнера «Сент-Афродита». Чтобы отдохнуть после долгого времени забот, Когоро Мори, его дочь Ран, Конан Эдогава и легендарное Детективное трио отправляются в путешествие, организованное семьей Сузуки. Но радость оказывается недолгой: во время игры Соноко Сузуки исчезает бесследно. Позже на палубе находят убитым президента фирмы, построившей корабль, а отец Соноки пропадает. Расследование полиция ведёт в тупик, однако Конан приближается к истинному виновнику. Злодей, не желая сдаваться полиции, угрожает взорвать «Сент-Афродиту» и утопить всех на борту. Пока трюмы стремительно заполняются водой, раскрывается правдивость о кровавых мотивах мести. Не имея возможности уйти, Конан и Когоро вынуждены схватиться с коварным преступником, прежде чем весь экипаж окажется поглощён морем.
