Фильм «Звёздный пилот» переносит зрителя на вымышленный остров Южный Крест. Ночью молодой парень Такуто Цунаси неожиданно оказывается у берега после перехода с материка. Это прибытие становится началом нового этапа в его жизни: он поступает в Южно-Крестовскую среднюю школу как первокурсник и находит новых товарищей. В стенах школы он сталкивается с разными характерными личностями, завязывает дружбу и начинает осваивать дорогу к своей мечте. По мере освоения школьной жизни Такуто узнаёт, что за привычной суетой скрываются тайны и неожиданные испытания, которые заставляют его расти и принимать смелые решения. В ходе дружбы, совместных задач и совместных побед герой учится доверять людям, отстаивать свои принципы и находить своё место в мире, полный приключений и великих возможностей.
