Над землёй снова приближается Тысячелетняя комета, и её появление суливает исполнение желаний всем, кто увидит её сверкающее сияние. Сатоши и компания с нетерпением ждут Тысячелетнего фестиваля, особенно потому, что их путь пересекается с волшебным номером Великого Батлера. Но ещё загадочнее оказывается кокон, который держит Батлер; из него Масато улавливает таинственный зов. Когда Джирачи просыпается, у Масато появляется новый друг — но этот дружок остаётся рядом лишь на те дни, когда небо озарено кометой. Масато стремится провести как можно больше времени с новым товарищем, но у Великого Батлера совсем иные планы на Джирачи, и они далеко не дружелюбные. Он затевает возрождение легендарного Гродона, и Джирачи как раз может осуществить это желание. Смогут ли Масато, Сатоси, Харука и Такэши остановить Батлера и спасти Джирачи до того, как Гродон вернется и принесёт разрушение на земле?
