В 2201 году после победы над Империей Зордара и Империей Кометы битва завершилась. Ямато возвращается на Землю для ремонта и приведения корабля в надлежащее состояние. Сусуму Кодай и его команда должны отдать дань павшим товарищам и набрать новый состав экипажа. Новобранцам предстоит пройти суровую школу подготовки, прежде чем они будут готовы к боям, и Кодайу придётся повозиться с ними, чтобы они не подводили в сражениях. Однако передышка окажется недолгой: Ямато снова отправляется в поход. Вернувшись с остатками своего флота на родную планету Гамилус, Деслер обнаруживает захватчиков. Империя Темной Туманности намерена присоединить Гамилус и Искандар к своим владениям, ведь их недра богаты ценными минералами. Сусуму Кодай и Деслер, ранее враждебные друг другу, вынуждены забыть старые распри и объединиться против новой угрозы.
