События происходят спустя некоторое время после завершения первого сезона. Пока Ёко занята подводными исследованиями у берегов Мадагаскара, Мадока, утратившая способность запускать глаз ауры, отправляется в Камогаву. По возвращении домой она обнаруживает письма от Лан и Мугинами, в которых рассказывается о их нынешней жизни и приводятся искренние поздравления с наступившим Новым годом. Проходит несколько месяцев, и учебный год подходит к концу. Мадока переводится в следующий класс, а её день рождения уже близко. В это же время её лучшие подруги прилетают, чтобы увидеть копию Камогавы, ставшую межгалактическим туристическим центром на планете Полигидрон.
